随着番茄棕果糖水果病毒感染全球的番茄和辣椒植物,种子公司正在致力于育种抗性番茄。
甚至在番茄基因组测序项目开始之前,番茄育种者就可以获得丰富的遗传和基因组资源。 长期以来,在几个地方都建立了大型番茄种质资源库。 世界各地的种质库中保存了超过75,000种番茄。 最大的仓库之一是位于纽约州日内瓦的USDA种质库。
番茄基因组测序始于2005年,是14个国家之间的一项跨国工作,并于2012年完成。随着人工智能,机器学习和先进算法的应用,这些工作大大加速了这些工作,以分析大量的遗传和表型数据。
番茄泛基因组
博伊斯·汤普森研究所(Boyce Thompson Institute)的研究人员于2020年为野生番茄创建了高质量的参考基因组,以生产更完整和有用的番茄全基因组。 他们发现了基因组的某些部分,这些部分构成了水果的风味,大小和成熟度,胁迫耐受性和抗病性。 部分由于可以读取非常长的DNA片段的尖端测序技术,参考基因组比现有数据库更完整,更准确。
读取较短DNA片段的较旧测序技术可识别单碱基水平的突变。 但是,它们不擅长寻找结构变异,例如大块DNA的插入,缺失,倒置或重复。
2019年,一个国际研究人员小组使用725个系统发育和地理上具有代表性的变种的基因组序列构建了一个番茄全基因组。 该数据库包含在原始参考基因组中找不到的4,873个基因。 当前/缺少的变异分析表明,在番茄驯化和改良过程中,大量的基因损失以及对基因和启动子的强烈否定选择。
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